黑水虻的养殖模式主要可分为地面养殖和立体养殖，但现阶段我国大多数黑水虻基地均采用地面养殖模式，该模式方便操作，投资体量小，见效快对物料的要求低，但同时也存在占地面积大、人工成本高以及对环境不友好的明显缺点问题。立体养殖模式可分为多层盒式养殖、多层槽式养殖和集成式立体养殖。立体养殖模式拥有空间利用率高机械化、自动化程度高，人工成本低的优点，但也存在着对环境控制要求高，对物料要求高，投资体量大和盈利难度大的痛点问题。